農委會指出，文旦柚富含礦物質、酵素、檸檬酸、果膠、高纖維及大量維生素C，維生素C含量是檸檬的3倍，蘋果的8倍。美國佛羅裏達大學醫學教授詹姆斯·金達(James Jinda)的研究指出，文旦柚的果肉中含有獨特的柚類黃酮，其果皮中的精油含量是普通柑橘的4倍。臺南文旦產業策略聯盟特刊中指出，文旦的皮富含精油，煮成湯加入洗澡水中。文旦的皮可以在太陽下曬幹，燃燒後可以驅蚊。
根據麻豆鎮農民協會的研究資料，紅肉文旦含有皂素、幹皂、天然果膠、番茄紅素、黃酮類、胡蘿蔔素等有益的天然成分。好的文旦壹定是皮薄肉甜多汁。事實上，如果甜味略帶酸味，這種文旦就會有柑橘的特點。