長期應用益生菌容易幹擾他自身益生菌體系的建立,長期應用益生菌也容易形成依賴。另外,長期使用益生菌有時會產生耐藥性,所以不建議濫用益生菌,益生菌越多越不好。過量攝入或補充益生菌不僅不能對人體產生積極作用,還可能導致人體器官負擔加重,產生負面作用,擾亂正常的腸道環境。