乳酸菌在人體腸道中起著有益的作用。
它在腸道內內分泌代謝產物，其中乳酸、酶、拮抗物質、維生素B群對人體有諸多益處。
乳酸菌對溫度非常敏感。當溫度低於8度時，它處於休眠狀態並保持活動，到達人體時活動最強。常溫保存的乳酸菌飲料中的乳酸菌是沒有活性的，因為乳酸菌在常溫下就開始活動，很快就會死亡變質。所以真正的活性乳酸菌產品的保存條件都是冷藏，保質期不會超過20天。超過20天的產品，基本可以視為不活躍。
同時，乳酸菌對酸度非常敏感。所以壹般的乳酸菌到了人的胃裏大部分都會被胃酸殺死，所以真正對人體有益的乳酸菌也壹定是很耐酸的，不會被胃酸和膽汁酸殺死，大部分會活著到達腸道。