1、體型：S級熊貓小醜魚的體型通常比A級更大，成長速度更快。這意味著S級魚在相對較短的時間內能夠達到更大的體型，而A級魚需要更長時間才能達到相同的體型。
2、品質：S級熊貓小醜魚的血統通常比A級更純正，品相也更好。這意味著S級魚的基因組成更符合熊貓小醜魚的原始特征，具有更高的遺傳價值。此外，S級熊貓小醜魚的外觀也更符合人們的審美標準，具有更高的觀賞價值。
3、價格：由於S級熊貓小醜魚具有更高的品質和更大的體型，因此價格通常比A級更高。這並不是說A級熊貓小醜魚沒有價值，而是因為S級魚在市場上的供應量相對較少，因此價格更高。