扁桃體發炎壹般是由革蘭氏陽性球菌感染引起，故治療扁桃體發炎需選擇對細菌敏感、有效的消炎藥，常用的消炎藥包括二代以上頭孢類消炎藥，如頭孢克洛、頭孢克肟、頭孢地尼、鹽酸莫西沙星、阿莫西林、克拉黴素。在治療急性扁桃體炎時，不僅需應用抗生素，同時也需配合中成藥的治療，常用的中成藥包括復方雙花片、藍芩口服液、丹參酮膠囊、口炎清顆粒、腫痛安膠囊等。
患者在急性扁桃體炎時，如果伴有發熱，可適量服用退燒藥。同時需註意多休息，盡量避免劇烈的運動，保持清淡飲食、多飲水，保持水電解質平衡。除外，註意適量補充維生素，保持大便通暢，對疾病的恢復有壹定幫助作用。