急性膽囊炎的發病與膽汁淤積和細菌感染密切相關。主要致病菌為大腸桿菌(60% ~ 70%)、克雷伯氏菌、厭氧菌等革蘭氏陰性菌。大部分從腸道經膽總管逆行進入膽囊，少數經門靜脈系統至肝臟，再隨膽汁流入膽囊。
慢性膽囊炎壹部分是由急性膽囊炎引起的，但大部分過去沒有急性發作史。約70%的患者伴有結石。由於膽結石的刺激，在長期慢性炎癥的基礎上反復急性發作，可使膽囊收縮或囊壁纖維組織增生增厚，最終囊腔縮小而失去功能。如果膽囊管是結石，炎癥粘連或疤痕完全堵塞，膽汁無法流入膽囊，但膽囊內原有的膽汁無法流入。繼發感染時發展為膽囊積膿。