1. 調料差異：麻辣魚註重重口味，常使用花椒、辣椒、豆瓣醬等調料，辣味濃郁，同時也帶有麻感；水煮魚則註重清淡口味，常使用姜、蒜、料酒等調料，清爽鮮美。
2. 烹飪方法不同：麻辣魚壹般先將魚片或魚塊過油炸至外酥裏嫩，再將炸好的魚塊炒制入鍋，加入麻辣調料攪拌均勻；水煮魚則是將魚片直接放入開水中煮熟，然後撈出擺放在調好的湯底上。
總的來說，麻辣魚以麻辣口味為主，烹飪過程中使用了油炸和炒制的方法；而水煮魚則偏向於清淡口味，烹飪過程中則使用了水煮的方法。兩者口味迥異，滿足了不同人群對於食物口味的需求。