1.雞頭飯在常溫下最多只能保存3-4個小時。這是因為雞頭米在被拉出來後有大量水分，在常溫下放置會蒸發水分，產生變色，散發出難聞的氣味。所以最好的辦法就是把沒用過的新鮮雞頭飯放在冰箱裏冷凍。通常情況下，壹個真空袋內均勻地裝滿1: 1清水和雞頭米，密封後放入冷凍室速凍，下次解凍時仍然是新鮮的芡實。
2.壹般情況下，幹雞頭飯存放在陰涼、幹燥、通風良好的地方。雞頭米富含澱粉，儲存時要註意防止蟲蛀。防止蟲蛀的方法可以是在風幹的雞頭米中加入幾瓣生蒜，防止蟲害。通常每公斤雞頭米中放入8-10瓣生蒜，可與雞頭米混合均勻後放入壇子中蓋緊，以保持雞頭米壹至兩年不被蟲蛀。