1，材質不同。北京烤鴨餡是北京烤鴨，個頭大，皮薄肉嫩，脂肪豐富。烤的時候，肥肉滴在爐子上，增強風味。南京鴨用的是南京湖鴨，皮薄，脂肪含量低，烤鴨肉含油少。
2.烘焙方法不同。北京烤鴨壹般用果樹(如梨樹、蘋果樹)烤制，註意保持鴨子的鮮味，不提前腌制，烤制過程中不加調料；南京烤鴨多采用掛爐、炭火烤制，烤制過程中會塗抹特殊的醬料。
3，吃的不壹樣。北京烤鴨的吃法是用春卷裹上洋蔥、黃瓜等蔬菜，蘸上甜面醬。南京烤鴨直接剁碎成小塊，蘸上特制的醬料和湯汁，壹般配白米飯。
4.不同口味。北京烤鴨皮脆肉嫩，肥而不膩；南京烤鴨以皮脆肉嫩著稱，香氣撲鼻。口感更脆，肉質嫩滑。