銀杏最早出現在3.45億年前的石炭紀。銀杏曾廣泛分布於北半球的歐洲、亞洲和美洲，中生代和侏羅紀廣泛分布於北半球，白堊紀晚期開始衰落。
直到50萬年前，第四紀冰川運動發生，地球突然變冷。大多數銀杏植物瀕臨滅絕，它們在歐洲、北美和亞洲的大部分地區都滅絕了。只有中國有優越的自然條件，它們奇跡般地保存了下來。因此，科學家稱它們為“活化石”、“植物界的熊貓”。