如果是病毒感染引起的腹瀉，此時要對癥治療。如果給寶寶吃抗生素，會加重病情。只有細菌感染引起的腹瀉才會用抗生素治療。此外，還可以選擇益生菌，可以幫助寶寶恢復腸道菌群，促進腸道功能的恢復，對治療腹瀉很有幫助。
腹瀉嚴重，出現水樣便時，建議使用蒙脫石散進行治療。蒙脫石散能快速恢復大便特性。也可選用鋅制劑治療腹瀉，並能增強免疫功能。為防止脫水或輕度脫水，應選擇口服補液鹽進行治療。嚴重脫水需要靜脈補液治療。