1、營養價值不同：有機牛奶通常含有更高的Omega-3脂肪酸、維生素C和抗氧化物質，同時脂肪含量較低，蛋白質和碳水化合物的含量也相對較低。此外，有機牛奶中不含有人工添加劑、抗生素和轉基因成分，更加天然和健康。而普通純牛奶則含有更多的脂肪和碳水化合物，同時蛋白質含量相對較低。
2、牧場條件不同：有機奶是通過有機認證的牧場，比普通的牧場環境好得多，也需要投入巨大的資金。
3、生產條件不同：有機奶是單獨生產，跟其他產品的生產線完全獨立，而普通純牛奶的生產線都是混合了多種產品，因為這樣可以提高空間利用率。