自制的番茄醬富含水分和糖分，容易滋生細菌，所以保存時間比較短。在沒有防腐劑的情況下，壹般建議將自制的番茄醬存放在冰箱中，在3-5天內食用，以保證食物的新鮮和安全。如果需要長時間保存，可以考慮冷凍，但要註意冷凍前將番茄醬加工到無菌狀態。
為了保證自制番茄醬的安全性，建議將調配好的番茄醬存放在幹凈的容器中，密封後迅速冷卻。食用時應先聞有無異味或變質跡象，如有異常應立即丟棄。另外，不建議將加工好的番茄醬反復加熱，以免破壞營養成分和口感。