1.外觀差異:木瓜的果實較大，圓形或橢圓形，表面光滑，顏色多為黃色或橙色。果肉呈橙色或粉紅色，柔軟而香甜。木瓜的果實相對較小，圓形或橢圓形，表面粗糙，顏色多為綠色或黃色。果肉白色或淡黃色，質地相對較硬，有酸味。
2.生長環境的差異:木瓜主要生長在熱帶和亞熱帶地區，喜歡溫暖濕潤的氣候，海拔範圍廣，低海拔和高海拔地區均可生長。野木瓜更適合熱帶雨林的環境，生長在低海拔地區，對溫度和濕度的要求更高。