蜂蜜的含水量非常低，並且蜂蜜中含有酸類和高濃度糖類物質，具有很好的抑菌性，所以放在常溫、幹燥、避光的環境下保存不容易變質。
如果想要更好的保鮮或者沒有良好的儲存環境，可以放在冰箱中冷藏。由於低溫會加快蜂蜜結晶速度，但不影響正常食用。除了需要註意保存，平時喝蜂蜜水時也要避免用開水沖泡，這樣不利於全面吸收蜂蜜的營養。