瓊脂糖凝膠電泳是分離、鑒定和純化DNA片段的標準方法。瓊脂糖是從瓊脂中提取的壹種多糖，親水但不帶電，是很好的電泳支持物。DNA在堿性條件下(pH8.0緩沖液)帶負電，在電場中通過凝膠介質向正極移動。不同的DNA分子片段由於分子和構型的不同，在電場中的遊動速度也不同。溴化乙錠(EB)可以嵌入DNA分子的堿基對之間，形成熒光復合物。紫外線照射後，可分離出不同的條帶，達到分離、鑒定分子量、篩選重組體的目的。
(根據瓊脂糖含量0.3-1.5%，1-25kb大小的DNA用1%凝膠，20-100kb的DNA用0.5%凝膠，200-2000bp的DNA用1.5%。