1.如果有生育要求，卵巢巧克力囊腫大於4 cm，就要建議患者進行手術。
2.對於不孕患者來說，如果長期找不到不孕的原因，發現卵巢有這個巧克力囊腫，大小兩厘米甚至三厘米，就需要進行腹腔鏡探查手術。
子宮附件彩色多普勒超聲提示卵巢巧克力囊腫大於4 cm。
對於沒有生育要求的卵巢巧克力囊腫或復發性巧克力囊腫，如果小於三四厘米，可以藥物治療。如果超過四厘米，仍然建議手術。