廈門市藥品監督管理局2002年2月10日掛牌成立，2004年7月20日正式更名為廈門市食品藥品監督管理局，屬福建省食品藥品監督管理局垂直管理機構。依法承擔全市藥品研究、生產、經營、使用等全過程的行政監督和技術監督職能，行使食品、保健品、化妝品安全管理的綜合監督， 組織協調，開展對食品、保健品、化妝品重大安全事故的查處的職能以及依法進行保健食品許可的監督管理等職能。廈門市食品藥品安全委員會辦公室設在廈門市食品藥品監督管理局。