1、洋蔥。黃豆芽和洋蔥雖然沒有飲食禁忌，但是洋蔥中含有某些活性物質可能會影響人體對黃豆芽中植物蛋白的吸收利用，進而造成營養流失。
2、菠菜。菠菜中含有壹定量的草酸，而黃豆芽中鈣質的含量較為豐富，大量的草酸和鈣相遇可能會發生化學反應，進而形成草酸鈣，導致鈣質流失，而且草酸鈣是不溶於水的物質，如果數量過多很可能會形成結石。
3、豬肝。豬肝中含有銅元素，而黃豆芽中維生素C含量極高，同時吃豬肝和黃豆芽可能會導致維生素C被氧化還原，影響食物的營養價值。