螺旋藻適合生活在淡水環境，不適合海水。
螺旋藻生活在湖泊和池塘的淤泥中。螺旋藻在不同的環境條件下生長，其營養類型會發生變化。在沒有有機物的情況下，它可以利用光能固定二氧化碳，固定有機物；在有有機物的條件下，利用有機物也能生長。根據螺旋藻的特性，目前在環保工作中已將其用於凈化高濃度有機廢水，以保護環境，消除汙染。