菇農在選購草菇菌種時應註意下列幾點：
（1）草菇菌絲為透明狀，銀灰色，分布均勻，菌絲較為稀疏，有紅褐色的厚垣孢子為正常的菌種。草菇母種、原種、栽培種，如厚垣孢子較多，壹般地說，子實體較小，反之，子實體則較大。
（2）若銀灰色草菇菌絲間摻雜有潔白線狀菌絲，隨後出現魚卵狀顆粒，久而成黃棕色，則可能混有小菌核雜菌；若瓶內菌絲過分濃密、潔白，也可能是混有雜菌，都應淘汰。
（3）如果菌種瓶內菌絲逐漸消失，出現蟎蝕菌斑，說明染有蟎蟲，應淘汰。
（4）瓶內菌絲已萎縮，出現水漬狀液體，有腥臭味者不能使用。
（5）草菇栽培種的菌齡以18天左右為宜，超過30天的最好不使用。