1.生長環境不同:野生山慈菇通常生長在山地、森林、草原等自然環境中，而種植山慈菇生長在溫度、濕度、光照等人工條件下。
2.外觀不同:野生山慈菇體型較小，呈扇形或半扇形，顏色多為深褐色或褐色。而栽培的山慈菇壹般長得比較大，莖多肉，蓋呈扇形，顏色鮮艷，夾雜著各種顏色。
3.營養成分不同:野生山慈菇含有較多的天然營養成分，如各種氨基酸、多糖、微量元素等，具有壹定的藥用價值。然而，由於山慈菇是在人工環境中生長的，其營養成分相對較少，而且不壹定均衡。
4.價格不同:因為野生山慈菇數量有限，需要收集，所以價格相對較高。然而，在山慈菇種植相對便宜，因為它產量大，容易供應。