目前國際上常用的品種主要是三大菌株公司的品種,如Sylvan公司的A12、A15、Amycel公司的2100。
目前國內主要品種有福建省輕工業研究所選育的As2796、As3003、閩1,以及前些年使用的香菇176、浙農1。此外,壹些公司和企業還從國外引進了壹些品種供自己使用,如F56和F62。
雙孢蘑菇的育種,尤其是雜交育種,由於其特殊的二級血緣和生物學歷史特征,難度很大。因此,培育具有遺傳多樣性的優良新品種是世界雙孢蘑菇育種家的壹項緊迫任務。