肛門尖銳濕疣的潛伏期比較長帶，早期癥狀不是特別明顯，到了後期會有越來越多的癥狀發生，初期表現為灰白色乳頭狀隆起的疾病，具有三個月的潛伏期，有的患者三周到八個月的過程中會發病。在這段期間要多加留意，患者身體上的表現，比如肛門感染以及肛門疼痛，瘙癢等，都是疾病的主要表現，最為關鍵的是肛門周圍發現微小灰白色乳頭狀隆起逐漸增大增多。
男性肛門尖銳濕疣的早期癥狀，主要表現為淡紅色或汙紅色，質地柔軟，頭上有尖，隨著時間的推移和病情的進展，可能變得又大又多。通常肛門、直腸及肛周等部位的巨大生殖器疣是高度進展性腫瘤，具有復發和惡變特性，尤其是向皮膚深層浸潤生長時，惡變的可能性更大。