菌有兩個讀音，分別為：
菌：jūn
本義：低等植物的壹大類，不開花，沒有莖和葉子，不含葉綠素，不能自己制造養料，過寄生生活，種類繁多，組成裂殖菌綱的壹大類微小植物中的任壹種?。如：細菌、真菌、病菌、菌肥。
菌：jùn
形聲。從艸，囷( qūn)聲。本義：蘑菇，蕈，菌子。高等菌類。有的可供食用)，同本義。如:菌芝（即靈芝)；菌閣(形如菌狀之閣)；菌蟪(朝菌和蟪蛄)；菌蠢(謂如菌類之短小叢生)。
擴展資料：
菌：jūn ，《說文解字》：“菌，地蕈也。從艸、囷聲。”。禾在囗(古圍字)中是囷範式。艸、囷兩範式疊加，類似草長的象圓形谷倉的蕈類是菌之範式。
菌：jùn：無毒的可供食用的食物。如木耳、松蕈、香蕈、草菇等都是可食用的菌類。細菌的簡稱。如：葡萄球菌、桿菌、殺菌。
百度百科-菌