1、大小不同
短吻鱷和鱷魚的大小相比，壹般短吻鱷要比鱷魚大很多。
2、嘴巴形狀不同
短吻鱷的嘴巴部寬而圓厚，呈“U”型，而且鼻子大；而鱷魚的嘴巴比較狹長而且更加薄，呈“V”型，鼻子比較小。同時，短吻鱷的嘴巴比鱷魚的嘴巴短。
3、牙齒位置不同
短吻鱷下腭長有四顆牙，而壹般鱷魚的牙會壹直長到上面。
4、皮膚顏色不同
短吻鱷皮膚顏色深壹些，通常是黑灰色，而壹般鱷魚的皮膚顏色較淺，通常是橄欖綠或棕色的。
5、身體長度不同
壹般短吻鱷的身體要比鱷魚短壹些，成年鱷魚的平均體長在6米左右，而成年短吻鱷的平均體長在3米左右。
6、體重不同
壹般成年短吻鱷的平均體重在360-450公斤，而成年鱷魚的平均體重450-900公斤。
7、壽命不同
短吻鱷的平均壽命在30-50歲，而鱷魚的平均壽命在70-100歲。