（1）自動化程度瓶栽模式自動化程度高，從填料（打包）→接菌→采收包裝基本上實現機械化。袋栽使用人工的工序較多，機械化程度較低。目前，大部分工序都是采用人工操作。（2）投資瓶栽由於自動化程度高，所以投資大。與瓶栽相同規模的袋栽模式投資就小，壹般日產2噸金針菇生產規模的建廠投資，瓶栽模式的投資是袋栽模式的3倍以上。但目前袋栽模式較符合中國的國情。（3）栽培原料國內工廠化栽培金針菇，瓶栽的原料大部分采用木屑和細米糠，而袋栽原料大部分采用棉籽殼、甘蔗渣、玉米芯、麩皮等。（4）出菇管理瓶栽絕大部分是采用搔菌方式出菇，技術含量較高；袋栽目前大部分采用再生法出菇，技術含量較低。