清洗牡蠣時，最好戴上乳膠手套，將牡蠣放入水中，用刷子擦洗附著在牡蠣殼上的沈澱物。然後，倒掉水，加入壹些面粉，和生蠔攪拌均勻，目的是讓面粉吸收生蠔的粘性物質。接下來用清水沖洗面粉，加些鹽，沖洗幾次。如果生蠔說明還有粘稠物質，說明這些生蠔沒有徹底清洗幹凈。這時候就需要用壹些水把牡蠣清洗好，只有把牡蠣清洗幹凈了才能吃。
如果買的是新鮮的牡蠣肉，裏面往往混有碎牡蠣殼或其他雜質。只要滴入適量的植物油(花生油)就可以了，清洗起來會更容易。另外，有些朋友比較喜歡吃生蠔幹，生蠔幹也需要適當的清洗。只有做好清潔工作，他們才能吃到美味的牡蠣幹。首先，用發酵粉將牡蠣幹浸泡在熱水中。當它變軟時，不僅容易清洗，而且可以去除牡蠣幹的異味。洗完後用清水沖洗幹凈。