秋季撒播者當幼苗長至4～5片葉時即可間拔采收，根據留苗距離把多余苗分次疏去剪根捆把上市；條播或穴播者，當苗高達15～20厘米時，基部留4片葉摘取嫩梢和嫩葉捆成把。木耳菜分枝性強，若溫度、肥力、水分適宜，半月後就可從下部葉腋中長出1～2個分枝，當長到15厘米左右時，可以留3片葉掐去嫩梢嫩葉。若以采收葉片為主的，當苗高20厘米時要搭架並引蔓上架，隨著植株向上延伸生長，把下部葉片陸續采收，根據其長勢每10余天采壹次，每次每株采1～3片。采時要連葉柄采下晾幹葉子表面水分裝入塑料袋內，準備上市。
木耳菜柔嫩多汁，易失水雕萎。不論是掐梢還是摘葉，采後都不能擠壓防止折斷。收獲後裝入塑料袋中每袋以250～300克為宜。這樣可以減少水分蒸發保持其新鮮度，木耳菜以就地生產就近銷售為主。若需長途運輸或保存，可放在10℃相對濕度為90%以上的條件下。