因為咖啡中含有咖啡因，所以咖啡因是最常用的黃嘌呤制劑，用於興奮中樞神經系統以對抗疲勞和困倦。此外，還刺激呼吸中樞、骨骼肌和胃的分泌，輕微作用於腎臟，利尿。它的不良反應大部分應該是因為藥理作用的增強，尤其是有病理傾向的。長期應用可能導致精神上的習慣化。壹般來說，每天攝入500 ~ 600 mg(約7 ~ 9杯茶或4 ~ 7杯咖啡)對健康有害。連續應用或大劑量應用可引起中毒，表現為行為和心理癥狀，如焦慮、易怒、興奮、肌肉震顫、睡眠障礙、頭痛、感覺障礙、心臟和胃腸道癥狀，大劑量時甚至出現癲癇樣驚厥。咖啡廠的工人可能因接觸粉塵而出現過敏反應，如皮炎、鼻炎、支氣管哮喘等。在消化道中，咖啡因可以催化N-硝基胺的形成，懷疑它可能是危重病的誘導劑。可能與乳腺纖維囊性病變有關。
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