非淋性尿道炎的治療主要是以抗生素治療為主,常用的抗生素有頭孢類、喹諾酮類、四環素類,另外還有阿奇黴素、磷黴素等,這些抗生素對於非淋菌性尿道炎都有比較好的治療效果。非淋性尿道炎口服抗生素的治療療程壹般是兩周左右,壹般要等到臨床癥狀完全消失,尿常規中白細胞完全轉陰以後,才認為是治愈。
在治療期間應該多喝水、多排尿,通過尿液來沖刷尿道,來促進感染的盡快恢復。在治療好轉以後盡量不要喝酒,因為喝酒會導致尿道炎的復發。