經過最高溫度60℃以上的高溫發酵，茅臺酒中的微生物在這樣的高溫下得到富集和篩選，弱小的自然被淘汰，形成了獨特的產香產酒微生物體系。壹般發酵曲分為黃曲、白曲和黑曲。黃曲壹般比較合適，白曲發酵不夠，黑曲過度發酵，茅臺中黃曲的比例達到了80%以上。
發酵結束後，應將發酵劑拆開存放半年。在貯存過程中，水分等元素揮發，有利於酒的醇香。曲粉裝袋進入釀酒生產。
茅臺酒的釀造過程
茅臺酒的釀造總是需要經過兩次投料、九次蒸煮、八次發酵、七次取酒，壹年時間才能出酒，跨越春夏秋冬四季。釀酒用的高粱是當地的優質糯高粱，因其色細紅、皮厚而被稱為“沙”。
這些“沙子”需要在95℃左右的熱水中浸泡10小時左右，稱為潤糧，然後攪拌，第壹輪蒸煮就開始了。蒸煮後攤涼、加曲、發酵、取酒醅，完成第壹輪進砂，然後進入第二輪“粗砂”進砂。第壹輪做菜不拿酒。