未成熟的海蜇體內含有細菌，海蜇體內的細菌主要是副溶血性弧菌，耐熱性強，需要80攝氏度以上才能完全清除。所以需要放入開水中焯四五分鐘才能完全撈出。
海蜇買回後要用醋泡壹下。超市加工的海蜇也需要用醋泡。如果是散裝海蜇，浸泡時間更長，往往需要24小時才能食用，可以起到除菌的作用。
新鮮水母的刺囊含有毒液。壹般買回來的新鮮海蜇要經過鹽、明礬三次加工腌制，濾水後才能去除毒素。
加工前需要反復浸泡漂洗，去除鹽分和明礬。清洗後需要將海蜇浸泡在醋中10分鐘以上，才能將加工好的海蜇煮熟。
海蜇雖然營養價值高，但也有壹些註意事項。有些食物不適合這類食物，吃的時候要註意。