荊芥穗與荊芥的區別是：
壹、形態不同
荊芥株高我40-150厘米，葉葉卵狀至三角狀心臟形，長2.5-7厘米，寬2.1-4.7厘米。花序為聚傘狀，下部的腋生。荊芥穗為品穗狀輪傘花序呈圓柱形，長3～15厘米，直徑為7毫米。
二、產地不同
荊芥出產地為西南、中部壹帶地區，人工栽培主產安徽、江蘇、浙江、江西、湖北、河北等地。而荊芥穗產自中國各個地方上，其中以江蘇、浙江、江西為主生長地。
三、作用不同
荊芥既可食用又可藥用，主治於感冒發熱、頭痛、麻疹，風疹，還可治跌打損傷，咽喉熱痛等效用。荊芥穗主要是治感冒，頭痛，麻疹，風疹，瘡瘍初起等病癥。
四、食用不同
荊芥有強烈香味，能以鮮嫩的莖葉供作蔬菜食用。另外還可以涼拌菜吃，是壹種經濟效益高、很有發展前途的無公害、保健型辛香蔬菜。而荊芥盡可作為藥材用，香味稍微淡壹點。