解決方案，基本上都提到了樓上:
1.將瓊脂糖凝膠的濃度提高到2%-3%。
2.運行單個限制控件，如果有差異，則表示有關聯。但如果要回收目的片段，建議使用載體上的序列PCR擴增，不容易回收到小於400bp的DNA。5.增加凝膠濃度。2.用2%瓊脂糖凝膠運行5 10 15ul的梯度。
建議PCR後運行，因為酶切量可能太低。
Sepharose分辨率差，0，有沒有加標記？看看馬克筆就知道了。也許已經用完了。。。0，1%瓊脂糖電泳後，為什麽看不到我的目標條帶？
我的目標波段是177bp。質粒雙酶切後電泳幾乎看不到目的條帶。是因為目標波段比較小，跑在前面容易變模糊，亮度減弱嗎？雙酶消化是20ul系統，取樣時用8ul。酶切後大帶比較清晰，我的目標帶177bp幾乎看不見。我不知道為什麽。
當然，馬克筆是加進去的。還沒用完~不過謝謝大家的回答