紅豆杉有很高的藥用價值，其莖、枝、葉、根均入藥。東北紅豆杉的藥用價值主要在於其提取物——紫杉醇，是治療轉移性卵巢癌和乳腺癌的最佳藥物之壹。同時對肺癌、食道癌也有明顯療效，對腎炎、細小病毒炎癥有明顯抑制作用，有抑制糖尿病、治療心臟病的作用。有些市民感冒發燒時，會拿壹些紅豆杉的枝葉，燒開水喝，試圖治病。事實上，直接服用紅豆杉不僅沒有明顯的醫療效果，還容易引起中毒。
紅豆杉本身毒性很大，其莖、枝、葉、果、根都含有毒成分。服用後會產生抑制骨髓造血功能、白細胞減少等嚴重毒副作用，主要表現為頭暈、瞳孔散大、惡心、嘔吐、彌漫性腹痛、肌無力等。嚴重時會引起心動過緩、心臟驟停，甚至死亡。早在2002年，衛生部就明令禁止將紅豆杉作為保健食品和食品原料，所以壹定不能隨意食用紅豆杉。