苦瓜子可以吃，而且有藥療的作用，但是普通烹調手段沒有任何意義。
經現代臨床文獻記載，苦瓜籽含有苦瓜苷A及***扼亞麻油酸，近些年印度壹位76歲的女科學家（生物化學專家）罕娜（Khanna），印度科學院終身院士從苦瓜種子中覓得降糖良藥（植物降糖多肽蛋白），標誌著糖尿病防治進入了生物降糖時代。目前在日本和國內以及全球已廣泛用於治療糖尿病。
苦瓜籽中含有的”苦瓜苷A“和”***扼亞麻油酸“， 這二種物質需要經過科學方法的提煉才可以獲取。普通烹調下吃苦瓜籽沒有任何意義，因此，不建議吃苦瓜籽。
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