自治區重點保護的水生野生動物名錄，由自治區人民政府漁業行政主管部門制定，報自治區人民政府批準公布。第三條 縣級以上人民政府漁業行政主管部門主管本行政區域內水生野生動物管理工作。
鄉（鎮）人民政府協助漁業行政主管部門做好本行政區域內水生野生動物管理工作。第四條 工商、環保、公安、海關、動物檢疫、交通、鐵路、民航、郵政等部門，應當根據各自的職責，協助和配合漁業行政主管部門做好水生野生動物保護的管理工作。第五條 水生野生動物保護管理所需經費，由縣級以上人民政府列入財政預算，統壹安排。第六條 國家級水生野生動物自然保護區，由自治區人民政府漁業行政主管部門管理，國家另有規定的除外。自治區級水生野生動物自然保護區，由其所在地縣級以上人民政府漁業行政主管部門管理。
在自然保護區內禁止從事捕撈等危害水生野生動物資源的活動。第七條 自治區建立水生野生動物救護中心，各市、縣根據需要可以建立相應的機構，負責對受傷、擱淺、受困的水生野生動物及依法沒收交來的水生野生動物進行救護、飼養和放生工作。第八條 因特殊情況需要捕捉自治區重點保護水生野生動物的，按國家二級重點保護水生野生動物的規定辦理特許捕捉證。
經批準捕捉水生野生動物的，必須在捕捉作業完成後十日內向捕捉地的縣級人民政府漁業行政主管部門申請查驗。第九條 鼓勵具備資金、場地、技術、種源等條件的單位和個人開展水生野生動物的科學研究和馴養繁殖工作。
馴養繁殖自治區重點保護水生野生動物的，應當向自治區人民政府漁業行政主管部門申請辦理馴養繁殖許可證。第十條 因科學研究、馴養繁殖、展覽或者其他特殊情況，需要出售、收購、利用自治區重點保護水生野生動物或者其產品的，必須向自治區人民政府漁業行政主管部門提出申請，並經其批準。第十壹條 經營利用經馴養繁殖的自治區重點保護水生野生動物及其產品的單位和個人，必須取得自治區人民政府漁業行政主管部門核發的水生野生動物經營利用許可證。第十二條 經人工馴養繁殖的水生野生動物的後代及其產品，應當出售給持有水生野生動物經營利用許可證或者經批準收購的單位或者個人。第十三條 禁止任何單位和個人為走私和非法捕殺、收購、出售、加工、利用、運輸、攜帶水生野生動物及其產品提供工具和場所。第十四條 任何單位和個人不得利用重點保護水生野生動物的產品制作、發布廣告，不得利用重點保護水生野生動物及其產品進行妨礙重點保護水生野生動物資源保護的宣傳。
賓館、飯店、酒樓、餐廳、招待所和個體飲食攤點等，不得用重點保護水生野生動物及其產品的名稱或者別稱作菜譜招徠顧客。第十五條 運輸、攜帶、郵寄水生野生動物及其產品，在本自治區行政區域內的，由縣級以上人民政府漁業行政主管部門出具準運證；出本自治區行政區域外的，由自治區人民政府漁業行政主管部門或者其授權的單位出具準運證。交通、鐵路、民航、郵政等部門憑準運證給予辦理攜帶、運輸、郵寄手續。
準運證由自治區人民政府漁業行政主管部門統壹印發。第十六條 出口自治區重點保護水生野生動物或者其產品的，必須報經自治區人民政府漁業行政主管部門批準。海關憑允許出口證明書查驗放行。第十七條 違法經營水生野生動物及其產品，在集貿市場以外的，由漁業行政主管部門依法查處；在集貿市場以內的，由工商行政管理部門為主依法查處，漁業行政主管部門有權參與查處。查處案件時部門之間發生爭議的，由同級人民政府協調解決。第十八條 海關、邊防、動物檢疫部門對非法進出境的水生野生動物及其產品應當依法扣留或者沒收。
交通、鐵路、民航、郵政等部門對無準運證運輸、攜帶、郵寄的水生野生動物及其產品，應當予以扣留。