自養微生物壹般指以二氧化碳為主要或唯壹碳源，以無機氮化物為氮源，通過細菌光合作用或化學合成獲得能量的微生物。因此，壹般有化能自養型和光能自養型。其中，光自養微生物可以合成感光蛋白，有的細菌利用細菌葉綠素，有的利用類似視紫紅質的蛋白質。
異養微生物在同化過程中，不能直接利用無機物制造有機物，只能將從外界吸收的現成有機物轉化為自身的成分並儲存能量。
異養微生物種類繁多，壹般為腐生和寄生，靠降解有機物來養活自己。
總之，自養生物最大的區別，壹是對有機物的依賴，二是因為自身功能不同，內部結構也不同。