1.改變環境:轉基因食品和非轉基因作物在種植和生長過程中還是有很多區別的，會對土壤和周圍的生態環境產生壹定的影響，而且這種影響不壹定是正面的。
2.害蟲升級:轉基因食品本身具有殺死害蟲的基因，但害蟲可以依靠淘汰和進化對這壹特性產生更高的抗性，這可能導致農藥無法殺死。
3.減少非轉基因作物:轉基因作物價格便宜，品種好，產量高。因此，許多農民願意種植轉基因作物。比如傳統非轉基因大豆產地東北，當地大豆逐年減少，被轉基因大豆替代。這種情況很可能造成非轉基因作物的暫停和滅絕。
4.心理恐慌:即使轉基因食品沒有任何生理危害，正常人在選擇食物時仍然傾向於選擇非轉基因食品。所以，如果他們長期食用轉基因食品，自己也知道，就會造成壹定的心理負擔，產生心理疾病。
擴展數據:
有人認為吃轉基因食品會致癌絕育，種植轉基因作物會導致土地報廢。對此，中國農業大學食品科學與營養工程學院院長表示，這些都是被反復炒作的不實言論，之前已經多次澄清。
歐洲食品安全局全面否認法國教授用轉基因玉米餵老鼠制造腫瘤的實驗。中國食用轉基因油的地區是轉基因疾病集中區的說法，當時被醫學專家否定，因為沒有流行病學調查。中國種植轉基因作物導致土地拋荒的說法早就被澄清了。
事實上，我國轉基因棉花種植區土壤肥力穩定，產量正常。吃轉基因食品會導致“絕育”純屬謠言，因為廣西從未種植銷售過轉基因玉米，迪卡玉米也不是轉基因品種。傳聞中的《廣西大學生性健康調查報告》根本不涉及轉基因問題。
人民網-如果轉基因食品導致的絕育不靠譜，我們仍需防範4大危害。