總局數據顯示，2017年度水產品總體抽檢合格率為98.1%。據新京報記者統計，在不合格水產品及其制品中，孔雀石綠和硝基呋喃類藥物代謝物是出現頻率最高的不合格項目，90%以上的不合格水產品檢出了國家標準規定的“不得使用”或“不得檢出”的氯黴素、孔雀石綠、呋喃西林或呋喃唑酮代謝物。
統計顯示，大部分涉及“吸毒”的水產品來自農貿市場和菜市場，部分產品來自知名連鎖超市。大潤發江漢店1批次的黑魚和1批次的鱖魚、永輝超市萬達廣場1批次的黑魚檢出孔雀石綠。廣州天河區百佳超市1批次黑魚含呋喃唑酮代謝物，福州沃爾瑪百貨1批次大蝦檢出呋喃唑酮代謝物。
國家美國食品藥品監督管理局曾表示，水產品檢查發現兩個主要問題:壹是鮮活水產品養殖過程中違規使用孔雀石綠、硝基呋喃等違禁藥物問題較為突出；二是違規使用違禁藥物涉及多種鮮活水產品，不合格樣品包括大菱鮃、黑魚、鱖魚、草魚、鱸魚、鯽魚、對蝦、新對蝦等。
水產品密度高，部分水體受到汙染。為了降低魚蝦死亡率，追求經濟效益，壹些不法商販鋌而走險，使用違禁藥物。在這個過程中，監管難度很大。“壹方面，放毒品是主觀故意的。另壹方面，壹些人通過飼養雞鴨家畜濫用抗生素，這些動物的排泄物也會汙染周圍的水環境。”
此外，相關生產技術的落後發展和高成本也使得壹些生產者，尤其是小企業，采用更便宜但不安全的方法來解決問題。