瓊脂粉是由瓊脂糖（agarose）和瓊脂果膠（agaropectin）組成的。瓊脂粉不溶於冷水，易溶於沸水，緩溶於熱水。瓊脂粉默認使用PH為中性，壹般為7左右，PH小於4則無法凝結。
瓊脂糖是線性的多聚物，基本結構是1,3連結的β-D-半乳呋喃糖和1,4連結的3,6-脫水α-L-半乳呋喃糖。瓊脂果膠是由許多更小的分子組成的異質混合物。它們的結構相似，但帶硫酸根和羧基組分，凝膠能力差。簡單地說，把瓊脂中的瓊脂果膠去掉，剩下的部分，就是瓊脂糖。
在工業上的瓊脂色澤由白到微黃，具有膠質感，無氣味或有輕微的特征性氣味，瓊脂不溶於冷水，易溶於沸水，緩溶於熱水。
瓊脂糖在水中壹般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。質量較好的瓊脂糖強度通常在1200克/cm2以上（1%膠濃度）。瓊脂糖的凝膠性是由存在的氫鍵所致，凡是能破壞氫鍵的因素都能導致凝膠性的破壞。瓊脂糖具有親水性，並幾乎完全不存在帶電基團，對敏感的生物大分子極少引起變性和吸附，是理想的惰性載體。
在瓊脂糖制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除，否則瓊脂糖有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團，就會造成電內滲（EEO），電內滲對質點的移動產生影響。質量較好的瓊脂糖硫酸根含量比較低，通常在0.2%以下，電內滲比較小，通常在0.13以下。所以價格來說，瓊脂糖要比瓊脂貴了很多。