古時鱷魚嶼原為麝圊山頭村的屬地。據傳林希元在調任南京大理寺丞時，曾回鄉探親。時洪朝選年方十六，前往拜謁林希元，並拿出所作詩文請教，林希元驚嘆曰：“非人間凡品也！”遂將其侄女林瑞英許配與他，並把鱷魚嶼當作嫁妝陪嫁，故古時洪厝年年要向瓊頭收取地租供祭祀之用，直到解放後方將鱷魚嶼劃歸瓊頭管理。 相傳很久以前，同安沿海劉五店海面上，有壹條非常兇惡的鱷魚。這條鱷魚經常在海面上興風作浪，把打漁人的船只翻到海底，有時還會化成美女到縣衙殺害縣官。
南宋紹興二十三年，朱熹到泉州府同安縣擔任主簿。對於鱷魚精的危害，朱熹早有耳聞，所以特別小心提防。每天從高土軒到縣衙辦公，都要倒退身子走路，生怕鱷魚精背後傷人。
壹天夜裏，鱷魚精又化成白衣女郎，潛入縣衙。朱熹正在燈下伏案批文聽到壹陣風聲，擡頭發現這位形跡可疑的女郎，知是鱷魚精作祟，便把手中的朱砂筆投擲過去，筆尖正刺中女郎肚臍。那女郎“哎喲”慘叫壹聲，帶傷倉促逃跑。
第二天壹大早，朱熹帶人沿著血跡追查，來到劉五店海邊，發現海面上多出壹座小島，原來那是鱷魚精死後所化。不久後鱷魚精的屍體形成壹個島嶼，這就是今天的鱷魚嶼。
鱷魚嶼上有口淡水井叫臍井，據說這是朱熹用朱砂筆刺破的鱷魚肚臍，因為朱熹在縣衙用甘甜的井水沾筆寫字，所以臍井的水是甜的。傳說朱熹手上提的朱砂筆，是文昌帝君賜予的神筆，鱷魚精死後身上長出的幼蟲就叫文昌魚，當地人又把它叫鱷魚蟲。