後來廣州爆發了商團事件。為了鎮壓廣州的商團，當地政府官員用武力鎮壓，燒毀了許多房屋，其中黃飛鴻開的寶芝林在大火中被燒毀。包是壹家的經濟來源。商店被燒毀後，黃飛鴻壹家沒有了經濟來源，黃飛鴻每天都很擔心。
隨著時間的推移，黃飛鴻最終變得抑郁並生病了。他的家人將黃飛鴻送往廣州治療，但當時仍無濟於事。最後，黃飛鴻在醫院去世，享年76歲。那時，黃飛鴻的家庭非常貧困。黃飛鴻死後，他的孩子們甚至沒有錢為他舉行葬禮。然而，由於壹些認識黃飛鴻的好心人的捐贈，黃飛鴻的孩子們有能力給他買壹副棺材。
最後，黃飛鴻也被安葬在廣州白雲山。黃飛鴻死後，他的妻子、兒子和黃飛鴻的得力徒弟林世榮去了香港重新開始。在香港，他們做起了武官，教武術，也結束了在廣州的黑暗日子。事實上，黃飛鴻的兒子中沒有壹個會武術。黃飛鴻曾教二兒子武術，但因為敵人打不過黃飛鴻，他讓自己的兒子去比賽。
這也導致他的兒子死於對手之手，給黃飛鴻帶來了很大的影響，所以黃飛鴻從此再也沒有教過他的任何壹個兒子武術。於是在香港開武館的任務就交給了他的弟子。