應用果膠酶處理破碎果實，可加速果汁過濾，促進澄清等。
應用其他的酶與果膠酶***同使用，其效果更加明顯，如秦藍等采用果膠酶和纖維素酶的復合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的穩定性。
並通過掃描電子顯微鏡觀察南瓜果肉細胞的超微結構，顯示出單壹果膠酶制劑或纖維素酶制劑對南瓜果肉細胞壁的破壞作用遠不如復合酶系。又如張倩等提出了壹種新型果蔬加工酶—粥化酶（含有果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶及蛋白酶等），可提高果蔬果汁的出汁率，增加澄清度，在果蔬加工中有廣闊的應用前景。
擴展資料：
壹般情況下，水果經破碎後的果汁中含有果膠、纖維素等固體物，根據分子大小，果膠起到植物纖維的作用，它會阻止甚至使液體流動停止，使固體粒子保持懸浮、汁液處於均勻的渾濁狀態。因此，制作果汁必須將果膠分解，使其失去活性，才能使汁液達到澄清的目的，而果膠酶就可以起到這個作用。
果膠酶作用於果膠中D-半乳糖醛酸殘基之間的糖苷鍵，可以打破果膠分子，軟化果肉組織中的果質膠，使高分子的半乳糖醛酸降解半乳糖醛酸和果膠酸小分子物質。
此外，果膠的多糖鏈也會被降解，果膠分子的這種連續降解會使果汁中的固形物失去依托而沈降下來，從而增強果汁澄清效果，提高和加快果汁的可濾性和過濾速度，增加了出汁率。
百度百科-果膠酶