不同品種:芍藥為毛茛科植物芍藥的幹燥根，芍藥為毛茛科植物芍藥和芍藥(芍藥)的幹燥根。
來源不同:芍藥的主要來源是栽培植物，芍藥的主要來源是野生植物。
產地不同:芍藥在全國各地均有栽培，主要在浙江、安徽、四川等地；芍藥在全國各地均有栽培，主要分布在內蒙古、遼寧、河北、甘肅等地。
采集時間不同:夏季和秋季可以采集芍藥，秋季主要采集芍藥。
2.區別於它的別名
芍藥的名稱有兩種解釋:壹是婉約變調，因芍藥外形婉約而得名；其次，能有效降毒，調和五味，壹勺之多，稱為“勺藥”。
芍藥可分為芍藥和芍藥兩種。芍藥的《詩經》叫“勺藥”“離草”，《烏普本草》叫“其品”，《名醫別錄》叫“玉榮”“犁食”“白木”，《本草綱目》也叫“離草”，也叫金芍藥。
芍藥又名木芍藥，在《生肌總錄》中被稱為“紅牡丹”。現在分別叫白芍和赤芍。如《中國人民藥典》(2010版)、《中華本草學》、《新世紀全國高等中醫藥院校規劃教材中藥學》等，均以白芍、赤芍為藥名。
3.性味與歸經的區別
白芍味酸、苦，微寒，入肝脾經；白芍味苦，性微寒，入肝經。
4、從功效上的區別。
從功效上來說，芍藥和芍藥有明顯的區別。白芍偏補收肝，既補清肝，又補肝血養肝。瀉下，柔肝，斂肝疏肝，用於瀉肝，故善滋陰養肝，平肝陽，平脾；白芍擅長清熱涼血，活血化瘀，瀉肝火。所以《傷寒論》註解說:“芍藥，以白補赤瀉，以白收紅散。”