2.搔菌促芽。菌絲長滿後，室內真菌培養階段已經結束，需要及時將菌袋移至培養室進行培養管理。先去掉棉塞和棉領，把塑料袋拉直成原來的圓柱形，然後進行抓菌處理，即把培養料表面的老菌絲剝掉，輕輕在表面抓菌，讓新的菌絲接觸到新鮮空氣，會更快地促進菇蕾的有序發生。
3.細菌被抓破後，要用報紙或紗布蓋住袋口，然後噴少量水保持濕潤。用紗布蓋住它。可以將整塊布放入清水中稍微擰幹，然後壓平，蓋上保濕。
4.萌芽後的管理。出芽後，要增加通風，降低室溫。金針菇適宜的溫度是10℃到18℃，5℃到8℃的品質較好，所以室溫不要超過20℃，4℃以下很難發芽。在這個階段，空氣的相對濕度應控制在90%左右，並在報紙上或地面周圍的空間噴水，不要直接噴在蘑菇表面，避免高溫高濕。應經常翻動報紙或紗布等覆蓋物，以增加通風，促進子實體生長。
5.壹般以棉籽殼為基礎的袋栽可收獲三至四批金針菇，從無到第壹批出菇約需1周，從菇蕾期到收獲約需兩周。
6.從第壹批采收結束到第二批蘑菇出現需要8天左右，從第二批出芽到采收需要10天，12天，第二批和第三批間隔8天左右，整個栽培周期需要3個月左右。每袋500克幹料可生產400克至500克鮮蘑菇。
7.木屑等培養基栽培周期2個月左右，收獲2 ~ 3批，每袋幹料350 ~ 450克，蘑菇250 ~ 350克。