1.親和色譜:壹種色譜技術，通過分子和它們的配體之間的特殊和可逆的親和結合進行分離。
原理:將特殊結構的親和分子制成固體吸附劑，置於色譜柱中。當待分離的蛋白質混合物通過色譜柱時，對吸附劑具有親和力的蛋白質將被吸附並保留在色譜柱中。沒有親和力的蛋白質會因為沒有被吸附而直接流出，所以會和蛋白質分離。然後，通過選擇合適的洗脫劑和改變結合條件，將結合的蛋白質洗脫下來。
2.凝膠過濾:壹種色譜方法，使用具有壹定孔徑的凝膠作為色譜介質(如葡聚糖凝膠、瓊脂糖凝膠、聚丙烯酰胺凝膠等。)，而分離出的物質根據分子大小和形狀的不同，擴散到凝膠孔中的速度也不同，從而以不同的速度通過色譜柱。
原理:凝膠過濾色譜法又稱排阻色譜法或分子篩法，主要是根據蛋白質的大小和形狀，即蛋白質的質量來進行分離純化。色譜柱中的填料是壹些惰性的多孔網狀物質，多為交聯多糖(如葡聚糖或瓊脂糖)。蛋白質混合物中的物質根據不同的分子大小進行分離。它也被稱為分子排阻色譜法。它是壹種以多孔凝膠珠為基質，根據分子大小分離蛋白質或其他分子混合物的色譜技術。壹般大分子先流出，小分子後流出。
3.聚丙烯酰胺凝膠電泳:用於分離蛋白質和寡糖核苷酸。
作用原理聚丙烯酰胺凝膠電泳是壹種具有分子篩效應的網絡結構。它有兩種形式:(1)非變性聚丙烯酰胺凝膠。在電泳過程中，蛋白質可以保持完整，並根據蛋白質的分子量、蛋白質的形狀和附著電荷的多少而逐漸分離。
4.鹽析:增加中性鹽的濃度會降低蛋白質、氣體和不帶電分子的溶解度的現象。這是壹種常用於蛋白質分離和純化的方法。最常用的中性鹽是硫酸銨、硫酸鈉和氯化鈉。