木耳不能直接煮。培養木耳等真菌時，人們會在培養基中添加尿素、銨鹽等含氮物質，這些物質會被微生物利用產生亞硝酸鹽。因此，鮮菌中常含有少量亞硝酸鹽。木耳等真菌發泡後亞硝酸鹽含量會較低。由於亞硝酸鹽在浸泡和反復洗滌過程中會隨水流失，浸泡後的真菌比新鮮的真菌更安全。
研究人員比較了新鮮黑木耳在室溫和冷藏條件下亞硝酸鹽含量的變化，發現浸泡24小時後，無論是室溫儲存還是冷藏，亞硝酸鹽含量都有所下降。為了避免變質和異味，最好放在冰箱裏冷藏。幹木耳如果直接用熱水煮，煮出來的木耳質地軟爛，營養流失多，口感硬，食用體驗非常差。
另外，木耳幹燥時會留下較多的灰塵細沙等雜質，不經浸泡直接煮熟會進入湯和熟食中。細沙等雜質在食用時容易對飲食健康產生很大影響。木耳之所以用開水燙，多半是因為人們想做涼拌，焯水，這樣木耳就能煮熟，同時木耳中的有害物質也能分解。
吃對人體健康有好處。壹般建議將木耳放入開水中，在沸水中撈出約2到3分鐘。如果將銀耳做成涼拌不焯水，不僅會導致黑木耳的口感不好，還會導致黑木耳中的細菌沒有被去除，不利於人體食用後的健康。生活中很多人以為幹木耳不用浸泡就可以直接煮，其實這是不對的。
首先，幹木耳的含水量相對較小。如果不先泡，就很難煮。味道不好其次，目前市面上大部分的幹木耳都添加了尿素、銨鹽等添加劑。幹木耳如果不直接浸泡蒸煮，這些物質很容易危害人體健康，所以壹般建議幹木耳浸泡後煮沸。所以木耳在泡的時候需要用冷水泡比較好，這樣既可以保留木耳的營養價值，又可以使銀耳的口感不被破壞。