為了預防病毒性疾病，使用了有毒的氟和磷，寧南黴素。值得註意的是，使用生物制劑時，應適當提前使用期，以保證療效。在稻蝦、稻魚、稻蟹等農業生態養殖區和相鄰的桑園養殖區，必須精心選擇化學藥劑；新煙堿類殺蟲劑(吡蟲啉、啶蟲脒、噻蟲嗪等。)應在水稻花期謹慎使用，以減少對傳粉者的影響。抽穗期慎用三唑類殺菌劑，避免藥害。
應提倡不同作用機制藥物的合理輪換和混合，避免長期和壹次性使用同壹種藥物。提倡使用高含量的單劑，避免使用低含量的復合劑。禁止使用含擬除蟲菊酯的農藥，有機磷農藥慎用。經常淺水灌溉，及時田間日照，後期幹濕栽培管理方法，可使水稻植株長勢健壯，增強抗病能力，抑制細菌繁殖和侵染，使病害不發生或少發生。氮、磷、鉀應配施有機肥和無機肥。
矽肥，如草木灰，要適當施用。基肥做足，前期追肥，中後期熟練施肥。冷浸田應註意增施磷肥。化學防治的總體策略是抓住葉瘟，大力促進葉瘟的發生，特別註意噴灑保護品種，在稻田脆弱期和葉瘟開始時盡快向疾控中心施藥，在水稻植株周圍或植株上施藥，但施藥重點是防止大穗頸瘟和枝瘟的危害， 從孕穗期後期、抽穗期和齊穗期開始，如果天氣條件有利於病原菌的形成和侵染，則在灌漿期開始。